高山族还保留有原始宗教的信仰和仪式。他们崇拜精灵,各地信仰的神不一,有天神、创造宇宙之神、自然神、司理神和其他精灵妖怪。祭仪有农事祭(包括开垦祭、播种祭、除草祭、收刈祭、新谷入仓祭等,主要的是粟祭)、狩猎祭、渔祭、祖灵祭等。盛行巫术,其中卜占方法有鸟卜、梦卜、水占、竹占、瓢占、饭占等,并有多种形式的巫书。由于汉族移民和荷兰、西班牙殖民者的影响,高山族宗教信仰复杂。汉族带去了佛教、西方侵略者带去了基督教、天主教等。这几种宗教都在高山族群众中生根,现在,高山族宗教生活中形成原始宗教信仰、佛教和西方宗教等交错并立的局面。