门巴族大多信奉藏传佛教中的宁玛派(俗称红教),个别地方也信仰原始巫教。门巴族对奇险陡峻的高山崇拜最盛,这类山往往被称为“神山”。门巴族认为神山是升天之路,为了死后让灵魂升夭,须在生前熟悉通道之路,于是亩神山崇拜而产生了转山的宗教活动。墨脱的门巴族信教群众常去转山的主要神山有桑多白日神山(位于墨脱境内),布达次崩(位于墨脱县境内)。神山祟拜表现在对神山的诸多禁忌上。如,不准在神山上大声说话和喧哗;不准在神山中打猎;不准砍伐神山的树木;不准搬动神山上的石头等等。
门巴族的各种宗教节日和传统民间节日基本与藏族相同。藏历每月的十日、二十五日,门巴族特别注重开展念经、敬佛活动。门巴族,把藏历每月的八、十五、三十日叫作“堆桑”,意为吉祥日子,一般男人不去打猎,女人不下地,认为这些日子里故意杀生或无意中踩死虫子等就会有很大的罪过。