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根据研究，回回医学是以人天浑同与有机整体思想为主导；以元气一无论与阴阳七行学说为基础；以动态和谐与过程论的观念，探索人的生命活动中身体和心性健康的整体规律，及其与疾病失序的关系；以辨质为主。结合辨证、辨病、辨经，论证养生、预防、治疗、康复为特点的一门综合性实用学科。为了便于分析回医理论的内涵，用以下“公式”来表述：
真一（单另独一，绝对实体）——元气（第一物质，万有之始）
——阴阳（阴“静”阳“动”，生化依据）
——七行 四元（水、火、气、土）———天地定位
三子（金、木、活）———万物始生
——人（思维与存在的统一体）
天人浑同的“真一”内涵妙质元气，元气两仪阴阳，阴阳化而生火，水火交错，万物化生，水得火而生“气”，火暴水而生“土”，土与水合而生“金”，气与火和而生“木”，水、火、气、土四者共合而生“活类”，金、木、活三者在天地化育中称为“三子”，而当三者形成后万物莫不靠它而资生，所以又称三母。
在自然生化过程中，万物按一定生成次序先后问世，先者为其胜，为其名，但这只是就其主流而言，其实金、木、活三者相互交错，三气无所不至，万物而生。
回族先贤认为，在自然形成的过程中，若金气胜，金气流行，山得之为玉石；水得之为蚌珠；土得之为五金之矿；草木得之为草木之情；一切万物得之，而各成其坚明定固也。
“木气胜，木气流行，山得之为嘉植；水得之生萍藻；沃土得之生禾稼；瘠土得之生草毛；四植之中、禀土胜者为坚质；禀气胜者为囊空；禀水胜者多繁花；禀火胜者多果实。而要皆得此木气以化育者也”。
“活气流行，生于山者为走兽，其形体与丘陵似；生于林者为飞禽，其毛者与枝叶似；生于水者为鳞介，其鳞甲与水波似；禀气土胜者性温；禀火土胜者性烈；禀气水胜者性贪；禀水火胜者性暴，而要皆得此活气以化育者也”。
由上可以看出，无金则木不生，无木则鸟兽不育。抑万物之主，皆从地出，自下而上也，故金藏土中，木见土外，鸟兽则飞行于空中，可见金、木、活“三子”堪称万物母，它与四元（四奇形）化育之功相同，皆为人和万物的基本物质。
对方位及天空，回族先贤认为，当四元气、水、火、土形成的同时，方见四方，即气位为东方，土位为西方，火位为南方，水位为北方。空中天地者，近于地者“温际”；上于温者“湿际”；再上者“冷际”；近于天者“热际”，此乃四际分空之论。这四际分空又是气火水土“四元”聚结而成，温际属土，其气和平；湿际属水，其气稍冷：冷际属风，其气肃冽；热际属火，其气炎热。四际之气皆为人与万物所仰藉，并使之因时而得而所。
回族先贤不但对大自然的形成有较系统的认识，而且对人的形成过程也有较系统的理论。回族先贤认为：“人不能先天地而自立，天地万物亦不能无人而自有，万物为人之护卫，人为万物之枢机”。也就是说人类的进化和大自然的形成是同步的。回族医学对人类的进化也是用以元气学说为基础，以阴阳七行为理论框架来解释的，认为从大自然元气发露至而成人身必须经过六阶段，即①“浑同品（是元气发露始有的浑论之象）；②“起化品”，阴阳分（相当于元气两仪阴阳阶段）；③“广化品”（相当于阴阳开始广化万物的阶段，象著于水、火、土、气四元出现）；④“正位品”（相当于水、火、土、气四元形成后，灭地定位，万物始化阶段）；⑤“蕃庶品”（相当于水、火、气、土、金、木、活，此四元三子相互作用变生万物的阶段）；⑥“成全品”人类出也（相当于人自然形成之阶段）。此六个阶段无不体现了人天原始浑同的统一及进化过程的和谐，虽属古朴，但较概括而形象。
人类形成后的繁衍，回族先贤认为：“初有一点种子，藏于父脊，授于母宫”，而授于母宫的一点种于是得父母交感之气而成，“由于父之阳动而生水，水挟阳气而授于母；母之阴动而生火，火挟阴气而纳此一点种子于宫，起初阴阳交而水火聚，故凝结为一。当胚胎初化，于是一分为两，成为“清”、“浊”不同的形态，清者为阳、浊者为阴，如同大世界元气两仪阴阳，清与浊在母体内特定的条件下，得到母宫的温养，而不停地运动变化，其运动趋向是，清阳向内，浊阴向外，如此，“清”、“浊”又各自两半，分成了四个层次，如同阴阳化四元，也就是“四体液”，即“黑液、红液、黄液、白液”，黑液为最外一层属土，近于黑者；色红属风近于红者；色黄属火；其居中者色白属水。四者均为人身血肉精气之本。回医学认为，胚胎一个月，黑红黄白四液形成。接着人身小世界继续依其特有的运动方式化育而成。
综上所述，不难看出，回族先贤对大自然的认识堪称为古朴的唯物辩证法思想，之所以称其为古朴，是因为上述理论与现代对大自然的认识相比就较原始了，上述理论，首先肯定世界是物质的，且是运动的，变化的，在此基础上，以元气发露，两仪阴阳，阴阳化而生四元，四元相互作用而生金、木、活三子，四元三子共同作用而生万物，世界人类备也。故而称之为古朴的唯物辩证法思想。回族先贤认为，在宇宙没有形成之前的先天世界里，处处充满着一种浑论状态的物质，“中含妙质”，是谓“元气”。阿拉伯哲学中“顿拉底”这一概念与此类似，并引伸为“原动精神”，回族先贤把这种原动精神称之为“发露”，元气发露则意味着自然生化开始，是为先天之本，后天之根。这里所言后天包涵了自然宇宙这个“大世界”和人身这小世界。元气自然生化的整个过程，只能通过不断运动才能实现，而这种运动变化最大的和最突出的特征集中体现于“动”与“静”，中国的回回先民将这种形式引用中医学的“阴、阳”概念来解释浑论元气之开始生化，其“动”多“静”少者，谓之阳，其“动”少“静”多者谓之阴。回医学认为“动”与“静”这两种相反相成的运动及其运动形态的存在，无论是“动”还是“静”，它们始终都在运动不已，天地万物的变化均归于这种运动，而这种运动形式既对立又统一，也就是说动中有静，静中有动，宇宙间无“纯阴”、“纯阳”、“全阴”、“全阳”，是阳中含有真阴，阴中含有真阳。是唯物辩证法思想。
由于自然生化的继续发展，“动”、“静”运动的无体性，阴阳则化为四元（水、火、气、土），四元相互作用则生金、木、活三子，回族先贤之所以把“水”、“火、“气”、“土”称为四元，说明它是同时成为一切有形物质（“形”）与无形事物（“色”），又称为“四象”，象是象征、现象之意，应包括有形运动的形象和无形运动的形象，是为反映自然规律的四种动态形象的总称。又称“四气”，实指无时不有，无处不在，“弥满无隙”，渊源于阴“静”阳“动”，在自然生化中，有着四类变化的运动性态；金、木、活三子又称“三耦行”，四元又称“四奇行”，行是行动、远行之意，指运动不已，“四奇行”与“三耦行”组成七行，“四奇行”与“三耦行”化育之功相同，均为人和万物的“基本物质”。但“四奇行”先于天地定位，再由“三耦行”化育万物。及此回医学有了“气”、“行”、“象”等概念的出现，深刻地反映了自然过程的无限运动性及其所表现的形象、气象等，为人类认识自然和人类自身的生命运动过程开拓了崭新的思路。
人作为“小世界”与“大世界”同源，且处于同一运动过程之中，但人是“大成全品”，阿卜杜拉的《道行推原》指出：“人是大极大全，无美不备，既美其形，复美其妙”，回医学的小世界种子，大世界元气之说，不但说明了人与自然的渊源关系，还反映了“大世界”从“无形”到“有形”，“小世界”从“有形”到“无形”的观点，从“无形”的元气到万物形色的生成，从“有形”的种子到生命过程的演化，这种从无到有，从有到无的生生不息的自然过程，与老子“无生有、有生无”的自然观一脉相承。这就是中国古代先哲所谓的“造化”与“神机”。
回医学理论的病因学、病理学、病机学、脏象学等，仅从现有的历史资料中难以释全，但从《回回药方》残卷中所提及的关于人体医学、病理病机学、病变部位来看，盛于元代的中国回族医学是有完整的理论体系，其特点主要是：回医学将古希腊的“四体液”学说改造为“黑、红、黄、白”四液，并将其纳入元气，四象理论中加以运用。此外又将“冷热干湿”说改造为“温际、冷际、湿际、热际”说，并与四元配合作为病因病理学的组成部分，这也说明了回医学是东西方医药文化高度结合的产物。
