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人体赖以生存的生命活动的三种能量和基本物质“赫依、希拉、巴达干”，简称为三根。蒙医学古籍中记载：“人胚在演化过程中随其形态的变化，初成脉由其脐部分出三根。一根上行形成脑。巴达干依属于脑，存在于身体的上部。另一根伸向中路，形成命脉。希拉依属于命脉与血，故存在于身体的中部。另一支向下延伸，形成密处。赫依属于密处，存在于身体的下部。”根据三支脉的不同走向及所在部位，把人体分成上、中、下三个部分，即心脏以上为巴达干部位，心至脐部为希拉部位，脐部以下为赫依部位。人体的生命现象，是一个综合性的复杂的活动过程，内而消化循环，外而视听言行，都不是孤立进行的，还有内脏与内脏之间，内脏与体表组织器官之间的有机联系，都是三根作用的结果。因此，三根是生命赖以生存的基本物质。在正常情况下，三根之间互相依存、互相制约，处于相对平衡状态，故人体功能得以正常运转。这是正常三根的生理作用。如果三者之间任何一方出现偏盛偏衰，致使平衡失调时，将引起反常变化，导致疾病的发生。因此，三根不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。概括起来讲：一方面三根是维持人体生命的主要物质，另一方面又是导致人体患病的内在因素。三根各有不同的特性，这些不同特性，在生理、病理方面也反映不同的特点。三根各有五种类型，各寓于人体内相应的脏腑及器官，各有其不同职能，并相互作用，共同维持生命活动。
赫依：在人体正常生理活动中，具有维持生命活动推进血液运行、呼吸、分解食物、新陈代谢、增强体力、支配肢体和意识活动、接种传代等作用。并且也是保持希拉、巴达干两根相对平衡的调节者，也是人体维持健康和延年益寿的引导者。如果赫依本身失去平衡状态时，就会导致病变。赫依具有以轻、涩为主的凉、微、坚、动等六种特性。
希拉：为人体正常生理活动的热能，具有产生热量和调节体温、促进消化吸收、促进营养七精华也称七要素之成熟等功能。它以巴达干为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果希拉本身失去平衡状态时，就导致病变。希拉具有以热、锐为主的轻、臭、泻、湿、腻等七种特性。
巴达干：在人体正常生理过程中，巴达干起滋生、调节体温、滋养正精，增强意识、延年益寿、坚固骨节的作用。并以希拉为自己存在的前提，与其保持相对平衡状态。如果巴达干本身失去平衡状态，就会导致病变。巴达干具有的重、寒为主的腻、钝、软、固、粘等七种特性。
三根是人体生存的主导因素，也是产生疾病的内在因素。人体的生理功能和病理机制都是以三者的平衡与变化为理论依据的。三根之间处于相对平衡或失调，即指“赫依、希拉、巴达干”20种特性的相对平衡或失调而言。赫依以“空、气”属性为主，是推动人体生命功能和力量的渊源。希拉的“火、热”属性为主，是推动脏腑及七种精华(食物精华、血液、肉、脂肪、骨、骨髓、精液)进行机能活动的热能和物质基础。巴达干以“湿、水”属性为主，是人体消化食物，调节体液机能和内分泌物质的能源。
蒙医的基础理论非常严密。三根是主要支柱，五元、六味、八性、十七功能就比较具体。如五元，蒙医认为世上的物质虽包罗万象，但均由五个元素(土、水、火、气、空)和合而成。“六味”是指药物而言，也是由五种元素在物体形成或植物成长过程中所形成。“八性”是指重、腻、寒、钝、轻、糙、热、锐等八种，具有调节病因所致的异常状态，使之趋于正常的作用。十七功能指蒙医认为如掌握了上述理论，有助于在临床上针对不同病情而选择适宜的药物进行有效的治疗，也有利于对某些药物的潜在功能作进一步的探索研究。治疗疾病的过程，就是调整“三根”使它趋于平衡的过程。这些理论由实践而来，又指导着临床实践，并在实践中不断发展提高。
