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蒙药种类繁多，资源丰富，且以植物药为主。据文献记载，内蒙古分布的种子植物和蕨类植物共计2351种，其中引种栽培的植物有184种，野生植物共2176种，分属于133科720属；野生药用植物1122种，分属117科1033种。此外药用藻类1科2种，菌类24科68种，地衣5科7种，苔藓11科12种。其中常用药为104种，最常用药78种，占全国最常用植物药的36％。
蒙医常用药有450余种，蒙医专用260余种，本区自产药材占30％。以清热药、祛巴达干药、抑赫依药、祛黄水药物为主。还有驱虫药、促使热疾成型的药物、杀粘药、利尿逐水益肾药、破痞去滞药、止咳化痰药、泻下药、止泻药、滋补强壮药等17类。
蒙药中有许多具开发利用价值的资源。如无患子科植物文冠果茎枝，是蒙医专用药。经过化学分析，邓丽嘉予试其含有黄酮类、皂甙、挥发油、油脂、香豆素、甾醇及糖类，顾维彰等对不同产地的文冠木的成分对比分析，并从文冠木中得到两种黄酮，即杨梅树皮素与双氢槲皮素。黄雅芳等从其乙醇提取物中分离到5种化合物，即双氢槲取素、双氢杨梅树皮素、表儿茶粉、表没食子儿茶精和一种结构未知的化合物。毛莨科植物北草乌的干燥叶，顾维彰等从其中分离得乌头碱、次乌头碱、新乌头碱、去氧乌头碱及北草乌碱。漆树科植物南酸枣的干燥成熟果实中，邓丽嘉等从其中得到黄酮、有机酸、甾醇、挥发油、香豆素、糖和酚性成分。木犀科植物贺兰山丁香的根中。周长风等经予试得到挥发油、油脂、甾体、萜体、酚性成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白质及糖类。菊科植物莴苣的种子，邓丽嘉等从其中得挥发油、黄酮类、氨基酸、肽蛋白质、酚性成分及糖类。漏芦的花，经顾维彰等分析，花中含有挥发油、黄酮类、植物甾醇、三萜类及糖类等。刘国声报道内蒙古紫草含β、β-二甲基丙烯酰紫草素为1．21％，含量高于紫草等等。又如：广枣(珠如很芍沙)，具有清心火，强心之功效；经其药理分析，具有治疗冠心病、心律失常之作用。蒙古山萝卜花(胡和——乌达巴拉)，具清热之功效，经药理研究具有显著强心作用。山沉香(阿拉善阿嗄如)，具抑赫依、清热、止痛、利呼吸之功效；经现代药理研究具有一定的抗惊厥作用，对中枢神经有明显的抑制作用，并有显著的镇痛作用。荜茇(必必灵)有调理胃火、祛巴达干赫依、调节体素、滋补强壮、平喘、祛痰、止痛功效；经动物实验，其挥发油具有耐缺氧和保护实验性急性心肌缺血作用。白苣胜其挥发油有显著的利尿作用，其总黄酮对心血管方面有良好的作用。文冠木(僧登)具有清热消肿、止痛之功效。经研究其总黄酮具有显著的镇痛与抗炎作用。另外还有白龙菖菜、芯芭、小檗、紫花高乌头、金莲花等。这些资源具有一定的开发利用价值。其中部分资源已开发或正在开发利用。
内蒙古蒙药最丰富的地区是东部山地，特别是大兴安岭燕北山地，而主要的内蒙古大宗药材主要分布于广大草原和荒漠地带。
据调查和有关资料，内蒙古蕴藏量较大的主要植物药有：麻黄、甘草、苦豆子、茵陈、苦杏仁、柴胡、侧柏、油松、旋覆花、锁阳、仙鹤草。其次有赤芍、黄芩、苦参、黄精、玉竹、升麻、黄，芪、桔梗、益母草、苍耳、漏芦花、远志、葶苈子、枸杞子、秦艽花、卷柏。还有苁蓉、郁李仁、马勃、硬紫草、香青兰、草乌、瞿麦、铁线莲等。另外，还具有一定量的鹿茸、牛黄等动物药和余粮土、麦饭石等矿物药。
蒙药用植物是内蒙古重要的生物资源，开发利用这项资源有两个主要目的。一是寻求防病治病，保障人民健康的新药；另一个是利用资源得到最佳经济效益。在这方面内蒙古多年来作了不少工作，积累了一些经验，在此基础上探索到一些循之有效的途径，更进一步开发利用这一生物资源，造福人类便是摆在全体医药工作者面前的首要任务。
一、用现代科学方法研究传统蒙药，从中开发新药
传统蒙药都是在长期临床应用的实践基础上，逐渐发展起来的，并被广大人民群众认可，具有一定的疗效而无严重的毒副作用的药物。在蒙医药基础理论指导下，用现代科学方法对这些药物进行研究，经过药理筛选，可以开发出新型药物。如：蒙医用麻黄属植物的茎枝治疗清肝热、止血、破痞、疗伤、消肿等，从其中分离出麻黄苯丙酮，抗心绞痛有显著疗效。蒙药沙棘具有止咳、祛痰、祛巴达干，治巴达干包如病。从中分离出黄酮类化合物，研制成沙棘黄酮片，对抗心律失常，保护急性心肌缺血和防治冠心病具有明显的疗效。乌恩通过药理研究，从蒙成药“扎木萨—4汤”古方中，筛选出有明显疗效的降血脂活性成分，并组成新方，命名为“格根”饮片，已广泛应用于高血脂症患者。顾维彰等，通过对古方“赞丹一3汤”的研究，筛选出了治疗心血管系统病的活性成分(广枣总黄酮等)，研制出复方广枣注射液。刘振国等对古方“阿如拉—3味”的研究，研制成了具有扩张冠状血管、改善心肌功能等作用的新方“嗄格日一塔布”注射液。内蒙古中蒙医院对传统蒙成药“三普勒一淖日布”和“扎冲一13”进行研究，研制出“偏瘫康口服液”和“偏瘫康Ⅱ号”注射液，已通过国家“七五”攻关成果鉴定。在蒙成药治疗风湿病的研究中，研制出具有显著镇痛作用的“那如注射液”对风湿病具显著疗效。这证明用现代科学方法研究传统蒙药，合理开发利用蒙药材资源，扩大应用范围，从而取得优质药品及可观的经济效益。
二、对传统蒙药材进行系统的研究，发掘新用途和新部位，进行综合利用
蒙药材中有不少品种具有较高的经济价值。若在传统理论指导及实践基础上，以现代科学方法及手段进行研究，可以发现重要的新用途或使其效用更加突出，从而开发研制出新型的药品、扩大功效和药用部位，如蒙药材枸杞子为茄科植物宁夏枸杞的干燥果实。蒙医应用已有几百年的历史，品种清楚、质量及规格稳定，产量大，群众珍视，传统经验主要用于清热、祛恶血。根据蒙医基础理论，经过化学分析和药理研究，开发出了对免疫功能具有促进作用与调节作用，抗衰老作用，降血脂与保肝抗脂肪肝作用、抗癌作用、雌性激素样作用、造血作用、降压作用、降血糖作用和生长刺激作用的不同剂型产品；同时以前不做为药用部位的茎、叶可被利用。这样充分利用药材资源，降低产品成本，取得了额外的经济效益。这些充分说明通过这种途径，开发利用现有的蒙药材资源有很大的潜力。
三、通过植物亲缘关系相近，有效成分相似的规律，开发利用蒙药材资源
内蒙古植物种类繁多，有些蒙医习用的重要药用植物资源，其同属近种或同科近属的品种都在区内分布，并有一定的蕴藏量。这些植物资源一般在蒙医传统用药方面未作药用或用量极少。可以广泛借鉴国际上有关这些资源的使用方法，在内蒙古发掘含有相同或相近化学成分及药理效用的植物，开发新药，满足防病治病之需，并取得经济效益。如经过化学、药理及临床等方面的研究，发现芸香科植物黄皮树、黄檗的干燥树皮和小檗科小檗属植物根所含有效成分基本相似，都具有祛黄水、敛毒、清热、明目、止血、止泻之功效。所以以黄柏入药。从而开辟了新药源。这种利用植物的亲缘关系，化学成分的规律来开发药物资源是一个有效的途径。
四、发扬传统蒙医的饮食特点，开发饮食业，达到强健身心，防病治病和益寿开慧之目的
蒙医饮食分为食物和饮料两大类。食物类包括粮食类、肉食类、油脂类、乳食类、蛋类、水果类、蔬菜类、熟食类和调味品等共9大类；饮料包括水类、奶类制饮料、茶类、酒类等4类，总计包括近200种饮食。开发利用蒙医饮食具有较高的经济价值和社会效益。如：在蒙医饮食疗法理论基础上，对“酸马奶疗法”的研究已由传统制作工艺、实验研究提高到临床应用的研究上。酸马奶含有丰富的维生素、微量元素和多种氨基酸等营养成分。实验研究和临床研究都证明了酸马奶对高血压、冠心病、瘫痪、肺结核、慢性胃炎、十二指肠溃疡、胃神经官能症、结肠炎、肠结核、糖尿病等症的预防和治疗作用非常明显，其开发利用潜力很大。沙棘有明显的止咳祛痰、活血散瘀、消食化滞等功能，经化学分析和药理实验，目前已研制开发出沙棘饮料等各种健身饮料和美容化妆品。饮茶是蒙古族的最大嗜好之一，茶叶是他们日常生活的必需品。奶茶，又叫蒙古茶，是蒙古族最喜欢的传统饮料，一日三餐都要喝茶。不仅有饮用茶树所产的各种茶叶的传统，而且还有把其他植物用作茶叶的传统。据有关资料，内蒙古地区蒙古族民间传统利用的茶用植物约有12科28种，其中有些种类的茶用部位亦入药，通过进一步的分析研究，选择出药用价值较高的种类，可以开发新药物和药用茶。此外，还有杏仁、麦饭石等重要蒙药材，亦已经研制开发利用。
五、加强药用植物的栽培，使野生变家种，扩大资源优势
野生药用植物资源经较长时间的大量采掘而不注意保护及栽培，不可避免地召致蕴藏量下降，甚至可以绝种，带来灾难性的后果。内蒙古有着复杂的地形气候条件，可以引种药用植物。如：随着对甘草、草乌、内蒙黄芪、苦参等用量的增加，自然资源的蕴藏量明显下降，已不能满足日益增长的需求量，这时内蒙古不少地区人工栽培种植了上述药资源已获得成功，使药用植物资源保持所需的蕴藏量。因此，加强药用植物的栽培，使野生变家种，是扩大资源的有效途径。
六、加强野生动物的驯化工作，保证贵重动物药材之需，保护珍贵的野生动物。
蒙药麝香、熊胆、鹿茸、牛黄等动物药具属贵重药材，其野生来源远远满足不了蒙药日益增长之需。倘若不加以保护、任意猎宰，其药源会日益枯竭，甚至可能绝种。因此要注重利用和保护的关系。内蒙古在这方面做了大量的工作。在不让任意猎宰的同时，也狠抓了珍贵稀有动物的人工饲养和驯化工作。如：内蒙古已成功地饲养了梅花鹿。这样既保护了梅花鹿，同时也保证了鹿茸的来源。又如：牛黄来源稀少，内蒙古现已着手研究人工给黄牛栽培牛黄的工作，已取得了一定的成绩。这样人工饲养和驯化药用动物，保证蒙药之需亦是一条可取之途径。
七、扩大市场、广泛交流、增加供销品种，充分开发蒙药材资源
在改革开放市场经济的条件下，目前的蒙药材产、供、销远已满足不了日益增长的需要，必须扩大市场，增加供、销品种。如目前市场上还没有漏芦花、兰盆花、铁线莲、照山白、地格达类、秦艽花、毛莲菜、白屈菜、草乌芽、芯芭、火绒草、多叶棘豆、硬毛棘豆等蒙医专用的地产药材和信筒子、腊肠果、芒果核、大托叶云实、华南龙胆等商品流通，应充分开发利用这些蒙药材资源。
