蒙医诊治疾病注重辨证论治。证是蒙医治疗疾病的基础单位,是用药方的依据和前提。疾病虽然多种多样,错综复杂,但蒙医认为究其原因可概括为赫依、协日、巴达干、血、黄水(协日乌素)、虫等六种。疾病的本质可归纳为寒热两种。把发病部位可归纳为脏腑、黑脉、白脉、五官等。辩证就是将通过三诊(问、望、切)收集到的资料,按蒙医的基础理论分析归纳,判断出疾病的原因及发病部位的方法。所谓论治,就是辩证的基础上,构思治疗方案,并进行治疗。制定治疗方案时,首先强调“治未病”的原则,要注意“求本”,“扶正祛邪”,“调理三根”以及“因人、因时、因地制宜”等几个方面。还需主病与三时相结合施治,药物、饮食起居、外治、护理要准确的针对疾病。
蒙医临床治病重视辨证论治,以调整人体的功能状态为目的。这也是蒙医治疗的优势所在之一。尤其在一时难以确诊的特殊疾病,要试诊的方法进行确诊,使蒙医辩证论治可以及早的发挥其作用。