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丽江素有“药材之乡”的誉称。丽江境内有药材2010种。
按水平分布，以玉龙山为界，可分为东西两片。
西片特产猪苓、竹红蕈、滇豆根、黄射干、三尖杉、五倍子、榧子等。东片特产天冬、穿山甲、菟丝子、五灵脂、麻黄、佛手、龙骨、黄药子、金丝马尾黄连。
按垂直分布，玉龙山为标志，海拔2000米以下的金沙江畔，亚热带代表药材天花粉、川楝子、蜈蚣、斑蝥虫、楣子、桔梗、茯苓、三七、丹皮，白胶香、山慈菇、龙衣、谷精草，蜜蒙花、滑石。海拔2000～3000米为高山温凉地带，代表药材当归、人参、西洋参、木香、秦艽、鹿仙草、珠子参、紫丹参、叶三七、麝香、熊胆、猴骨。海拔4000米为高山寒湿地带，代表药材虫草、贝母、岩菖蒲、雪茶、雪莲花、缘绒蒿等。
在纳西族民间，有自挖、自制、自用药物的传统历史。清代道光年间，纳西族名医和介山、习谭对丽江药材精心研究，发掘了本地药材加工施用，其他药号亦自采、自制。
“寿元堂”自制虎潜丸，主治风湿病；健脑参茸丸，补益气血；坤顺养心丸，补心安神；滋阴明目丸，补肾明目；雪水紫金锭，主治小儿惊风症，及小儿高热抽搐。
“长春堂”自制大五香丸，主治虚劳症；小五香丸，清热解毒，主治小儿惊风等症；巴豆丸，泻火主治下泻；炼制三仙丹，主治梅毒疮疡；熬制治风湿，跌打，劳伤膏药。
清代光绪二十年（1894），光绪丽江府志稿卷三物产部份载“当归俱以丽产号发他省”。说明丽江种植当归药材已一百多年历史。1933年从印度引进木香种子在鲁甸乡种植成功，成为药材商品。1959年从东北引进入参苗在鲁甸栽培成功，尔后引进省外药材种子18种，还有野生变家种的如秦艽等15种，其他32种为本地家种药材。
