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畲医药理论产生于特定的历史条件和独特的自然环境，与中医有着很深的渊源。在长期的民族迁移过程中畲族吸纳了苗、瑶、壮等少数民族的医药理论精华，发展了本民族医药文化，形成了独具民族特色的畲族医药理论体系。通过深入民间调查、查阅有关医学文献和相关地方史志资料，我们可以看出畲族医药理论有以下几个特点：
一、寒凉为主，内外兼治
据文献记载和畲族语言学考证，隋唐时，畲族主要聚居在粤、闽、赣三省交界地带，所处地域多雨潮湿，瘴气流行，极易引发疟疾、结核病、丝虫病、地方性甲状腺肿、妇女病等，严重威胁畲族群众的身体健康，在这种情况下，畲族群众积累和掌握了与疾病作斗争的经验，逐渐形成了具有民族特色的畲族医药理论。明、清时，随着畲族迁徙区域的变化，民间“痧气”致病说开始形成。畲族民间将身体不适、精神不爽、头痛胸闷、四肢乏力、呕吐、腹部胀痛等，统称为“痧”。认为“痧”属热证，夏暑之季易发，为热与湿阻滞于皮表，影响脏腑尤其是脾胃功能而发病。
畲族地区气候炎热，古之“瘴气”，今之“痧气”，皆为热毒，民间治疗多以清热解毒药为主。同时，也强调“寒者热之，热者寒之”的辨证施治法。注重内服外治，内治服青草药，用药偏寒凉，外治则刮痧、抓痧等，内外兼治，二者并重。
二、“六神”治病，擅长外疗
畲医认为，人的生命由心、肝、肺、脾、肾、胆六脏的神来主宰，“六神“即是六脏的简称。“六神“各司其职，协调人体三十六骨节、七十二筋脉、十二条血路、二十八脉。病人多为风寒所袭或气血不调所致。气血旺盛，筋脉顺畅，生命活动正常，身体健康；若气血不足，筋脉不畅，人的身体就羸弱；若气血不调或气血衰弱，筋痉脉止，则生命运动就停止。
畲族崇尚“六神“，认为“六神“受损就会得“六神病“(也称六辰病)。畲医治病往往把时辰连在一起诊断，认为人体有十二处气血调和往来，按照十二时辰与二十四节气的变化，周而复始。若某一处受伤，就会血脉不畅，导致内伤，常出现每天定时畏冷，甚至寒颤，但不发热，寒颤渐减后疲乏无力、失声、咳血、喘憋等。通过问诊辨清病因，对症施药。“六神“病需及时采用“六神草“治疗，根据不同时辰，不同部位，不同症状，辨证施治方为有效。现代畲医在此理论基础上，进一步发展了“六神”说。如畲医兰天赐认为，白血病乃人体气血不畅，瘀积而成，他认为“六神草”可治白血病，并经二十多年临床实践，取得明显疗效。
畲医擅长外治和正骨、接骨疗法。畲医对伤的治疗强调新旧伤与轻重伤，按时辰辨证治疗。治疗多以青草药为主，辅以动物内脏或肌肉，取其通络活血之性，使邪去正安，气血旺盛，达到恢复健康之目的。正骨、接骨疗法，手法独特，捏、搓、推、拿、提、按、端、挤、旋、转、展、伸，因势利导，资以整复。复位后外用小竹片或杉树皮固定，再用宽2～3寸的青布包扎，3～9天调整夹板一次，继续上药，直至痊愈。
三、以食为补，注重节气
畲族民间历来重视食物的补益作用，畲族地区广泛流传“九药不如一补”的说法。强调以脏补脏，认为禽畜的内脏或肌肉与人体相应的内脏或组织有着某种特殊的补益关系。注重食物凉热属性，体质寒者要用热性食物，体质热者要用凉性食物。提倡“以防为主”，强调未病先防，练功健身，以达扶助正气而邪气自退、不药而愈的目的。
畲族居住地区气温高，汗多伤气，加之繁重的体力劳动，体力消耗过大，所以畲族人口患病多虚实错杂，难以下药，对此畲医创造性地将药[FS：PAGE]攻与食补有机结合起来，疗效较好。如畲族群众在四季更替或节气转换时，常采药备于家中，根据节气变化，选择凉热属性之家禽或动物(通常宰杀鸡、鸭、兔或羊等，也用狩猎之物)配以青草药炖服，以补益身体，消除疲乏，增强体力，效验显着，充分体现了畲医以食为补的观点。
四、因人因时，依法而动
畲医认为，用药应因人、因地、因时而灵活变通，“依法而动”，不能机械，才能攻补恰当，药到病除。如春夏季节，人体阳气升发，皮腠开泄，治疗外感疾病则不能用辛温发散的药物；秋天气候干燥，用药宜偏润；冬季寒冷，温药可适当加量。居于山区的患者多为风寒湿气所侵，治宜祛风散寒；居于平原地区的患者常发热多汗，当慎用温热药。老少患者，用药宜轻；青壮年患者，用药稍峻无妨；妇女在经期及妊娠期慎用峻下、破血药。
