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5世纪中叶以后，在准噶尔盆地东部出现了一个以阿史那氏为核心的铁勒部落，被称为“突厥”。公元552年阿史那氏建立了囊括整个蒙古草原和准噶尔盆地的突厥汗国，回纥和其他铁勒部落成为它的属部。突厥贵族对广大铁勒部落残酷的统治激起了各铁勒部落的反抗。在反抗突厥汗国的斗争中，回纥部周围聚集了越来越多的铁勒部落，力量逐渐强大，与突厥贵族相抗衡。744年，以骨力裴罗为领袖的回纥联盟在唐朝大军的配合下，推翻了突厥汗国，并建立起漠北回纥汗国。回纥汗国的疆域包括贝加尔湖以南，阴山以北，兴安岭以西和阿尔泰山以东的蒙古草原地区。此后，在汗国存在的近百年中，草原上的各游牧部落以回纥部为核心，逐渐融合团聚为一个统一的回纥族，诸部落原有的名称从此基本消失而统称＂回纥＂。从那时起，＂回纥＂名称的内涵也就发生了变化，它不再单纯地指一个原始部落，而已经成为一个包括了草原上各游牧部落的古代民族的名称。回纥汗国是唐朝的属国，历代可汗都接受唐朝的册封。有三位唐朝公主嫁给了回纥可汗，因此，历代回纥可汗都认唐朝为母家，称中原皇帝为舅。这种甥舅的关系一直持续了几百年。同时，回纥贵族亦有将女儿嫁与唐朝亲王为妃者。当时，中原汉人迁居到草原的也多了起来，他们大多融入回纥人中。
回纥汗国与唐朝的经济关系十分密切，最突出的是马绢贸易。回纥汗国在其存在的近百年期间向唐朝倾销了上百万匹马，换回的丝绸大约在2000万匹以上。这些丝绸大多被贩运到了罗马、波斯和印度等地。当时，中国丝绸在东罗马的价格与黄金相当，即一两黄金一两丝绸。回纥汗国通过马绢贸易获得了巨额的财富，经济和文化迅速发展（杨圣敏《论回纥汗国与唐朝的关系》，载《中亚学刊》第四辑，北京大学出版社1995年版）。
回纥人使用突厥卢尼文，有些回纥人懂汉文，有的还能用汉文写诗。和蒙古草原上的其他游牧民族一样，回纥人信仰萨满教，8世纪初摩尼教传入蒙古草原，公元762年，牟羽可汗立摩尼教为国教。839年，漠北草原上＂连年饥疫，又大雪为灾＂（《唐会要》卷98），汗国内部发生内讧，北方黠戛斯人乘机夹击，840年回纥汗国崩溃。草原上的回纥人在各部贵族的率领下四散迁走。其中一支约10万人向南，到达阴山以南的长城沿线游牧，到848年这部分人完全溃散，其中大部分进入中原，融合进了汉人之中。另外三支回纥向西迁徙，分别到达葱岭西的楚河流域、准噶尔盆地东部和河西走廊的张掖地区。在河西走廊的回纥人与其他民族融合，后来形成了今天的裕固族。到达准噶尔盆地东部的回纥人以北庭（今新疆吉木萨尔县）和高昌（今吐鲁番）为中心建立高昌回纥汗国。葱岭西的回纥人与当地的葛逻禄等部落共同建立了喀喇（黑）汗国。这两个汗国建立以后，分别从东西两个方向向塔里木盆地扩张。一个个绿洲国被相继征服，只有土着人的于阗国还维持着原来的政权。
9世纪中叶以前，新疆南北的语言文字和人种都有明显的差别。在北疆游牧的多为操突厥语的铁勒部落，他们是6世纪中叶所建突厥汗国的遗民，并且从那时候就开始了在北疆的突厥语化过程。根据当时的石雕、壁画和文献资料可以看出，他们都属于宽脸、细眼、鼻子较矮而又少胡须的蒙古人种。而当时南疆的居民则多表现为＂高鼻深目＂、多胡须的欧罗巴人种特征（耿世民：《试论塔里木盆地民族的融合和近代维吾尔族的形成》，载《新疆历史论文续集》，新疆人民出版社1982年版）。南疆各绿洲的语言文字也不统一，据德国古文字专家的研究，共有7种语言24种文字，大都属于印欧语系。其中最主要的是两种塞语：焉耆-龟兹语，在焉耆、库车和吐鲁番一带使用；于阗语，在和田、喀什和巴楚一带使用。而东疆则受到较浓厚的汉文化的影响。
10世纪中叶以前，新疆的居民多信仰佛教、摩尼教和萨满教。公元943年，喀喇汗国的沙土克·布格拉汗皈依伊斯兰教。公元960年，喀喇汗国的20万帐突厥人和回纥人皈依伊斯兰教，就在这一年，阿斯兰汗确定伊斯兰教为国教。从此，喀喇汗国以＂圣战＂为旗帜，向东方信仰佛教的高昌回纥和于阗国发动连年进攻。1006年，南疆最后一个土着人的政权于阗国战败灭亡，在塔里木盆地只剩下回纥人的两个汗国东西对峙，这标志着回纥人已成为塔里木盆地的统治民族。从此以后，土着人的语言和文字逐渐消失，南疆的突厥语化过程基本完成。由于两个回纥汗国宗教信仰根本对立，并且宗教教义已渗透到各自的社会生活、文化的各个方面。高昌汗国境内佛教寺院遍布，通行回鹘文；而喀喇汗国到处是清真寺，使用阿拉伯文拼写的突厥语。他们互相视为异教徒，人民之间在心理上有很强的对立情绪，经常发生宗教战争。因此这两部分回纥人并不具备形成一个统一民族的条件。
