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彝族医药的发展，大致经历了三个阶段。
第一阶段是在神权统治下，彝族医药艰难发展的阶段。此时期，神权占主要地位。
《云南志略诸夷风俗》中云：“有疾不识医药，惟用巫。”
《黔书黑倮倮》云：“疾不延医，唯用巫，号曰：大溪婆。”
《云南通志种人黑倮倮》中云：“疾无医药，用夷巫禳之。巫号曰：大溪婆，或曰：白马。”
《南安州志》中云：“诸夷皆病不服药，信邪鬼，好巫祝。”
上述记载，说明在当时的历史条件下，虽然彝族医药巳经出现，但由于神权统治的缘故，人们罹患疾病，不能得到积极良好的治疗，而是一切按神的意志去办，但从史书记载和彝族民间的实际情况来看：彝族的巫医是既能巫又能医的彝族知识分子，即称毕摩。他们既掌握彝族文化，又懂得一定的医药知识，在医治不好疾病的情况下，就推之于鬼神。此阶段，由于受历史条件的限制，彝医药的发展较为缓慢。
第二阶段，神权均衡的历史时期，彝民因从事社会活动和农事、狩猎，械斗而致伤残，或因季节气候轮转而发生四时疾病，在这种情况下靠祈祷不能达到免灾消祸的愿望时，便开始用自然界的植物和动物的某一部分来治疗疾病。天长日久，积累了很多经验，懂得了医药能够治疗疾病。这比完全听命于鬼神向前大大迈进了一步。
第三阶段，彝族医药发展的兴盛时期。这一时期，大致在明清时代，彝族医药得到了较大的发展，相继出现了大量的医药著作，现在发掘整理的彝族医药典籍有几十部。从其内容来看，有医经合一的书籍，也有医学猫床专著，有针灸经络方面的专著，还有彝族医学理论方面的著作。其内容丰富，说理较强，治疗的疾病范围较广。这些彝族医学理论和著作，过去一直未得到重视和研究，所以就没有被更多的人认识和理解。正如中国社会科学院历史研究所杨向奎教授在《文明中国的舞族十月历》—书序言中所说：“我们不读中国各民族史、各民族文化史，就不了解中国古代之所以光芒四射；我们不读彝族历史、彝族文化史，就不能透彻了解中国古代史上的一些难解的问题以及中华民族文化之综合构成的体系。”程志方先生在《论中华彝族文化学派的诞生》一文中写道：“彝族文化学派从十月历的角度究明了我国古代阴阳八卦与历法的关系，发现了阴阳八卦与十月太阳历相关的直接证据，认为阴阳五行思想，是从十月太阳历的概念基础上产生的。”这些文章都对彝族文化作了高度的科学的全面评价。
