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保安族族源可以总结为“一主多元”，“一主”即，保安族先民的主体是来自中亚细亚的信仰伊斯兰教的色目人。“多元”即，这些驻扎在隆务河畔的信仰伊斯兰教的色目人（保安族先民），在长期的戍边生活中，与不同时期迁入保安地方的回、土、撒拉、汉、和当地藏等民族不断交流、互动、联姻，融入到保安族中形成了多元。
据成书于14世纪的：《元史》、《蒙古秘史》、伊朗史学家志费尼著《世界征服者史》、波斯史学家拉施特著《史集》等史籍都有记载：成吉思罕自公元1219年至1225年率领蒙古远征军征服中亚细亚，占领七十多座城市和地区。每占领一地就把当地工匠手艺人强征入蒙古军队服役。“把为数超过十万的工匠、艺人跟其余的人分开，孩童和妇孺被夷为奴婢，驱掠而去。……蒙古人结束花喇子模的战斗，虏掠驱奴，进行抢劫屠杀，血腥镇压，再把居民中的工匠瓜分，送到东方诸国”。
1225年成吉思汗回师中原，军队中大量补充了从中亚诸国强征的信仰伊斯兰教的色目人。1227年占领河州、洮州和金朝所属的积石州（辖现甘肃积石山，青海循化、同仁、贵德等地）。为了巩固这些新统一的地区，蒙元军队组建了一支由保安族先民工匠参加的“探马赤军”，派到现青海同仁县保安地区驻防。他们亦兵亦工，仍然从事工匠营生。
到“明嘉靖十六年（公元1547年）统计，保安站族，男妇一千名口。”这是历史上官方文献中首次提到“保安站族”，在笔者看来，以信仰伊斯兰教的色目人在这里已经生活了三百多年，同时也与这里的不同民族共同生活、交流互动了三百多年，他们以伊斯兰教为核心形成了自己稳定的文化模式和共同的经济生活；以清真寺为中心，以军屯制为地域方圆，形成了他们共同的地域空间“哲麻提”－社区；形成了不同于汉语、藏语、土族语、蒙古语的共同语言――保安语；形成了集农耕、经商与手工业经济为一体的共同的经济生活。因此，十六世纪中叶保安族作为一个完整的民族共同体已经形成。
另据现代人类遗传学对保安族的体质特征、血型分析、DNA研究成果表明，保安族族源于中亚细亚，并与回族、东乡族、北方汉族的遗传基因接近。从科技层面证明了保安族族源为：保安族先民的主体是信仰伊斯兰教的色目人（保安族先民），与不同时期迁入保安地方的回、土、撒拉、汉、和当地藏等民族不断交流、互动、联姻，融入到保安族中，到明代形成了保安族。
