到了15世纪时,伊斯兰教排除了其它宗教,在维吾尔族地区逐渐占据统治地位,成为全民信仰的宗教。伊斯兰教对维吾尔族的政治、经济、文化和生活习俗方面的影响,都是十分深远的。
伊斯兰教有不同的教派。维吾尔族大多数人信仰逊尼派的教法学派之一哈乃斐派,也有相当一部分人信神秘主义派别的苏菲派,在新疆称为依禅派,还有少部分人信仰瓦哈比派。逊尼派自称正统派,是伊斯兰教教徒最多的一个派别,崇奉《古兰经》,相信末日和来世,注重五功(念经、礼拜、封斋 、纳税、朝觐)。每天五次礼拜,每七天一次主麻(集体礼拜)。礼拜寺是逊尼派教徒进行宗教活动的场 所。礼拜寺的种类和大小不同:有居民礼拜寺,主麻礼拜寺和行人礼拜寺等多种。
在维吾尔族中信仰依禅派的人主要分布在和田、墨玉、莎车、库车等地,在喀什、疏勒、疏附、吐鲁番以及伊犁地区也有很多信徒。