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古代藏医的培养方式，一般是采用师徒相传的方式，其培养能力也是有限的；17世纪上半叶嘎玛王朝曾一度在日喀则地区创办一所学校性质的藏医班，开创了学校形式的医学教育之先例。可惜的是嘎玛王朝存在的时间太短，因而这个形式的学习班也随之夭折。
五世达赖即位不久，就命令尼汤仲钦洛桑嘉措在拉萨西郊的哲蚌寺甘丹颇章宫的西侧设立一所医学校，名叫“医学利众寺”，并从各地选拔有培养前途的青年入学，主要学习《四部医典》；另一方面，他还命令恢复日喀则过去那个讲习班，继续培养接班人，并取名“神仙云集寺”，同样以学习《四部医典》为主。
五世达赖圆寂以后，医学利众寺不久就停办了。但几年后，桑吉嘉措又选中布达拉宫对面的铁山，另建立一所新的医学校，这就是药王山医学利众寺，实现了五世达赖生前的宿愿。这个学校的学习内容仍以《四部医典》为主；并增加了其他学习内容，包括《增补四部医典秘决本集》、《草热秘方》。除学习课本以外，还注重与实践相结合，即每年带着学员到附近的山区采集一些药物，虽为期不长，但它对于学员加深理解和辨认藏草药很有帮助。
后来，桑吉嘉措还在布达拉宫内开设了一个高级的进修班，聘请各地有名的藏医来讲学，选取一小部分有培养前途的学员深造。
