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如果忽必烈希望实现其他任何经济和政治目的，中国必须是真正统一的和中央集权的。
忽必烈首先释放被他的军队俘虏的大批士兵和平民，以争取江南的汉人。接着他发布以恢复中国南方经济为目的的命令，其中包括禁止蒙古人掠夺农田，并建立贮存剩余谷物的常平仓来保证遇到灾害时有足够的供应。朝廷一般不没收南方大地主的土地，也不削弱他们的权利基础，只是在统治集团的上层增加另一个等级——蒙古统治者。征收的农田税并不繁重，而且在灾年会被免除。盐、茶、酒和一些商品实行专卖，忽必烈统治时期，虽然也设立了多出市舶司，招徕海商，但从事海上贸易的，主要是包括斡脱在内的官商，和少部分民间商人。从事海外贸易的主要目的，是谋取政府和贵族、商人的收入，虽然可能对南方的民间社会也起了一定作用，但在历史上不是作为“推动南方繁荣的一个基础”而存在的。且至元末还曾有过禁绝海外贸易的命令。
他把首都建在大都，忽必烈需要保证这个新城市中稳定的粮食供应，这迫使他从中国南方更富庶的地区运入粮食，最初忽必烈依靠两个在征宋战争中协助蒙古将军伯颜的海盗朱清和张瑄沿着中国的东海岸通过海路向北方运送粮食。朝廷决定把大运河延伸到以使船运的粮食可以方便地到达大都。1289年2月完成了这项扩建，并将这条称为会通河的运河对船运开放。延长这条运河所需费用极大，大约300万劳工参加建设（译者注：实为用工250万），为此政府花费了巨款。维护也是高成本的，这条运河所需的大量开销毫无疑问地是13世纪80年代后期烦扰蒙古朝廷的财政问题中的一个重要因素。
