水族的远祖是古代“百越”的一支。水族与古代“骆越”族有历史渊源,是其中一只发展起来的。早在秦汉以前,岭南地区以及东南沿海一带就居住着许多部落,公元前214年,秦朝统一了岭南,水族先民逐渐向北往黔桂边境迁移;隋唐时统称“溪峒蛮”;唐宋时与壮侗各民族一起被统称为“獠”;宋代在该处设置“抚水州”,被通称“抚水蛮”;州这一地名暗示以“水”为自称的人群已经形成。13世纪中期,有大规模的汉族人移到此处;13-17世纪,又有大量的汉族士兵被调到此处戍守,设屯安家,他们的后代也逐渐融合于水族。
“水族”之称,最早见于明代史籍。清代,多称其为“水苗家”、“水家”等。新中国成立后,水族被正式定名。
在中国近代史上,水族人民谱写了光辉篇章。1855年10月,潘新简领导水族人民武装起义,提出“不缴粮,不纳税,打倒清朝享太平”的响亮口号,坚持斗争16年之久,配合了太平天国斗争。1909年,吴朝俊领导水、布依、苗等民族起义,提出“灭洋兴汉”,进行反洋和反帝反封建斗争,在全国产生重要影响。新民主主义革命时期,水族人民的优秀儿子邓恩铭是中共一大代表中唯一的少数民族同志。抗日战争时期和解放战争时期,水族人民也积极参加了当地中共地下党组织所领导的斗争。