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苗族医药经过秦汉，唐宋及明清几个主要发展时期，到了近代苗族医药学从理论到临床都有了较大的发展，主要体现在以下几个方面。
一是苗族医药史料出现在各地的地方府、厅、县志书中。这些医学史料虽然零星散在，但稍加收集和归类，就能理出苗医的理论框架。如苗医临床分为内科、儿科、妇科、外科等四大临床学科。在临床治疗方法上，分内治法与外治法两大疗法。在药物的应用上“苗医治疗喜用鲜药，时间短而功效速，人人乐用之”。主张用当地鲜药，“少用市里药店之官药”。在治疗上，“苗医问病首先注重发病时辰”的治疗时辰学，如治疗十二时血穴疗时，就主张按发病时间而对症下药治疗。在苗医学临床应用中总结出有效验方、单方，为苗医方剂学奠定了基础。
二是临床疾病名称进行分科。如内科有咳嗽、蛊病症、红砂症、乌鸦症、疝气、红便、伤力劳、青蛙症、霍乱、疟疾、飞蛾症等。妇科有奶痛、乳蛾、月经不对、白带、妇女不孕等。外科有黄瓜瘤、羊瘤、吹口疮、吊肛、痨疮、九子痒、虫疮、耳烂、水毒、火症、痔疮、外风、牙虫、蛇伤等。儿科有小儿麻痘、胎毒、小儿惊风、走胎等。
三是苗医外治法在临床上广泛应用。苗医传统外治法有手推(也称推拿疗法)疗法，铜钱刮法（刮痧疗法）、挑刺疗法、外敷疗法、热熨疗法、烧灯火疗法、麻刮法、碗针放血疗法、外洗法、药浴法等。
四是苗医用药用鲜不用陈，以保证药效。苗医用苗药治病，主张用新鲜药，不用药店存放过久的陈药，说是药物“治难见效”。
五是药物用药方法独特。在内服苗药的加工上多用爆药法、煎煮熬药的方法也较为常用。对慢性风湿疼痛，腰腿痛多用酒泡制方法。对新鲜苗药治疗外伤，如虫、蛇咬伤的用鲜药摘汁外洗或外敷捣烂苗药还有冲阴阳水法、嘴嚼法、外洗法、药水熏法、药汁点服法、冲服法等。
六是苗医外科、妇科手术的发展。到了清末，湘黔边的湘西凤凰县和贵州松桃等地苗族“匠嘎”，能用手术方法剖腹取胎，母婴平安。是苗医外科学的一大发展。
七是预防与保健。苗医提倡多参加劳动，生活有规律，不要暴饮暴食，起居有常，崇尚武功，强体健身，预防疾病。
八是医德高尚。苗医看病有求必应，随请随到；不计较报酬；苗医为民诊病，忠心耿耿，全心全意。“为民治病不要讲钱米，救人生命是大事、是好事、是积德。”
九是巫医或苗巫师施巫术治病在民间仍然流行。苗巫在“遇疾不求医，延巫求祷”的湘黔苗疆施以巫术治疗或求祖灵除疾病保平安，苗人喜接受。如化水治疗、椎牛、打猪祭祀祖先以求平安等。
